大掌门作为一款武侠题材的策略卡牌游戏，其关卡系统采用线性递进结构，划分为数十个主题关卡，每个关卡包含十余个独立任务。江湖副本作为核心玩法，通过消耗体力值推进关卡进度，任务类型分为普通、精英和BOSS三类，普通任务每日可挑战999次，精英任务限10次，BOSS任务限5次。首次三星通关可获得三倍威望与银两奖励，全关卡三星达成后还能领取包含10点体力的叫花鸡奖励。
关卡难度设计遵循渐进原则，前13关以丙级装备和武功残章为主要掉落，第14关灵鹫宫开始出现乙级装备。BOSS关卡作为关键节点，每日限次挑战但产出稀有资源，如燕子坞关卡的西域法王掉落丙级武器，赤练仙子李莫愁则概率产出乙级武功九阴白骨爪。精英关卡虽掉落品质略低，但经验收益高于普通关卡，适合用于弟子快速升级。体力作为关卡推进的唯一消耗资源，每6分钟自然恢复1点，VIP3及以上玩家可启用江湖连闯功能批量扫荡已通关卡。
关卡评价体系与战斗回合数直接挂钩，1回合结束战斗可获三星评价，3回合以上仅得一星。三星通关不仅解锁扫荡功能，还能激活大关卡专属的10点体力包奖励。部分关卡存在特殊机制，如黑木崖关底的梅兰竹菊组合极易达成三星，而笑傲江湖关卡的令狐夫妇则需要较高战力才能突破。关卡掉落物涵盖装备、武功残章、弟子魂魄三类，其中乙级武功残章是合成高级技能的关键材料。
关卡进度与掌门等级相互制约，高等级关卡需消耗更多体力但提供更丰厚的威望值。部分关卡存在隐藏收益，如聚闲庄关卡虽掉落普通丙级武功，但经验值略高于同阶关卡，适合作为过渡期练级选择。关卡重置机制每日零点刷新挑战次数，VIP玩家可通过元宝购买额外次数，但需权衡资源消耗与收益比例。关卡系统通过资源产出与成长需求的精准匹配，构建了可持续的武侠世界探索体验。
